Acesta s-a născut pe 6 noiembrie 1937 în oraşul Kiselevsk, regiunea Novosibirsk. A absolvit Institutul de Inginerie Civilă din Novosibirsk şi a lucrat în industria construcţiilor, apoi a intrat în Partidul Comunist al URSS în 1973.

După destrămarea Uniunii Sovietice, el a condus Comitetul pentru Securitatea Statului.

Bakatin este cunoscut mai ales pentru faptul că, a predat Statelor Unite, cu permisiunea preşedintelui de atunci al Uniunii Sovietice Mihail Gorbaciov, „în semn de bunăvoinţă”, o schemă originală a unor interceptări telefonice din noua clădire a ambasadei americane de la Moscova.

Sarcina lui Bakatin a fost reformarea KGB - ca urmare a administraţiei sale, instintuţia a fost împărţit în servicii speciale independente (în special, informaţii externe şi securitatea statului), trupele de frontieră au fost îndepărtate din comitet.

În ianuarie 1992, primul preşedinte al Rusiei, Boris Elţin, l-a demis pe Bakatin, după care acesta nu a mai ocupat funcţii publice.